Руководитель — такой же подотчетник, как и любой другой сотрудник
Если работник не отчитался о выданных ему под отчет суммах и не вернул их, эти суммы становятся его облагаемым НДФЛ доходом. И должность подотчетника значения не имеет.

Пересчет НДФЛ с 30% на 13%: что делать с переплатой на счете 68
Доход нерезидента облагается НДФЛ по более высокой ставке, нежели доход резидента РФ. Но после обретения работником резидентского статуса НДФЛ пересчитывается по ставке 13% вместо 30%. Причем пересчет делается с начала года и в результате образуется переплата, которая засчитывается в счет уплаты НДФЛ по ставке 13%. Но что делать с не зачтенной на конец года переплатой? А у некоторых и в бухучете подвисает дебетовое сальдо по НДФЛ на счете 68. Куда его деть?